SystemsX.ch fördert systembiologische Forschung mit  verschiedenen Projekttypen, die sich in Fokus, Grösse, finanzieller Struktur und Laufzeit unterscheiden. Die Forschungs-, Technologie-, und Entwicklungsprojekte sind die Leuchttürme von SystemsX.ch und werden vom Schweizerischen Nationalfonds (SNF) evaluiert. Die Interdisziplinären Pilotprojekte vereinen mindestens zwei Teams aus unterschiedlichen Feldern der Systemsbiologie. Die Interdisziplinären Doktorandenprojekte fördern Systembiologen der nächsten Generation.