Um die interdisziplinäre Zusammenarbeit und den Nachwuchs zu fördern, vergibt SystemsX.ch Stipendien an Doktorierende, die interdisziplinäre Fragestellungen verfolgen. Die Doktorierenden werden jeweils von zwei Forschern aus unterschiedlichen systembiologischen Disziplinen betreut. Dazu zählen unter anderem Informatik, Ingenieurwesen, Nanotechnologie, Physik, Mathematik, Chemie, Biologie und Medizin. SystemsX.ch unterstützt jeden Studierenden mit demselben Betrag für Salär, Verbrauchsmaterial und die Teilnahme an internationalen Konferenzen.

Die Ausschreibung von IPhD Projekte erfolgt zwischen 2008 und 2011 jeweils jährlich. Auf die erste Ausschreibung vom 6. September 2007 wurden 32 Anträge eingereicht. Diese wurden vom Schweizerischen Nationalfonds sowie dem wissenschaftlichen Führungsausschuss von SystemsX.ch evaluiert. Eine Tabelle mit den 15 ausgewählten Projekten finden sie hier.