Le All SystemsX.ch Day, le plus grand événement organisé par SystemsX.ch, accueille chaque année environ 400 visiteurs. C'est un événement de réseautage et d'échange d'information à l'échelle suisse qui attire des scientifiques, des politiciens, des partenaires privés et les média publiques. En plus d'être le lieu principal de présentation et de proposition de nouveaux projets, c'est aussi une occasion de promouvoir les possibilités de formation en biologie systémique. 

L'événement est co-organisé dans une ville suisse par l'une des 11 institutions partenaires de SystemsX.ch. Chaque année, il y a un conférencier invité pour parler des dernières nouvelles et découvertes en biologie systémique. En outre, les chercheurs de SystemsX.ch présentent leurs projets et leurs résultats. La manifestation se conclut sur un Prix du meilleur poster de doctorant qui récompense généreusement les auteurs des meilleurs poster scientifiques.

Le All SystemsX.ch Day offre aux scientifiques comme aux non-scientifiques l'occasion d'échanger des connaissances et de se découvrir des intérêts et des besoins communs, agissant simultanément comme plateforme d'initiation de projets de futures collaborations scientifiques.