LipidX - La biologie systémique des membranes biologiques
Constituants d'un sous-ensemble largement ignoré du métabolome, les lipides sont peut-être les molécules biologiques de la cellule que l'on connaît le moins. Ils s'assemblent en agrégats structurels complexes ou micro- et nanodomaines et sont souvent réfractaires aux analyses biochimiques et morphologiques classiques. Ces micro/nanodomaines se regroupent en réseaux fonctionnels, les biomembranes. À l'ère des „-omiques“, les outils de la lipidomique sont sous-développés; la première proposition de classification complète des lipides date seulement de 2005. La richesse du répertoire lipidique qui compte plus de 100'000 espèces est comparable à celle des gènes et des protéines.
La lipidomique en tant que telle a émergé ces dernières années, bénéficiant des stratégies et des outils informatiques de la génomique et en particulier des progrès de la chromatographie de haute-résolution et de la spectrométrie de masse. Tout comme les gènes et les protéines, les lipides sont des composants essentiels de la cellule. Compte tenu de leur complexité, une approche systémique est nécessaire à la compréhension de leur rôle dans la vie d'une cellule, d'un organe et d'un organisme.
LipidX s'attaque à six questions fondamentales concernant les lipides:
- 1) Comment les lipides sont-ils distribués dans les cellules? ;
- 2) Comment génèrent-ils des microdomaines? ;
- 3) Quelles fonctions assument les lipides et lesquelles requièrent des microdomaines?;
- 4) Comment les microdomaines s'assemblent-ils et se dissocient-ils?;
- 5) Quelles sont les contributions des lipides au trafic vésiculaire intracellulaire et à la signalisation intercellulaire?;
- 6) Quels rôles jouent-ils dans les maladies? SBOB rassemble des scientifiques venant des domaines de la biologie, la physique, les mathématiques, la médecine et la chimie pour investiguer ces questions.
LipidX est subdivisé en 5 sous-projets:
- 1) Le contrôle génétique des profils et des fonctions lipidiques,
- 2) La localisation des lipides et le trafic membranaire,
- 3) Des cellules aux organismes en passant par les tissus,
- 4) Modélisation des voies métaboliques et des domaines membranaires,
- 5) Les lipides et les maladies, en particulier les maladies infectieuses et les syndromes métaboliques.
Les approches incluent la détermination des profils lipidiques et génétiques, le criblage RNAi, la modélisation des compartiments cellulaires et de leur dynamique, la modélisation des voies du métabolisme des lipides et des domaines membranaires, l'analyse des programmes développementaux et de la génétique d'organismes-modèles. LipidX se focalise sur l'intégration de plusieurs ensembles de données et sur la mise en place d'une collaboration dynamique entre les sous-projets afin d'obtenir une vue d'ensemble de la biologie des lipides et de leurs interactions avec les autres réseaux cellulaires, y compris les systèmes métaboliques et transcriptionnels, les réseaux de signalisation et de développement ainsi que les interactomes protéiques.
MEDIA RELEASES
How to survive oxygen depletion (2009)
Howard Riezmann and Jean-Claude Martinou from the University of Geneva showed, how animals protect themselves against oxygen depletion (anoxia). The scientists, both supported by SystemsX.ch, describe the mechanism from the gene level up to the protecting lipids with the help of lipidomics.
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